Sau khi rời ngôi, ông lui về cung đình Sentō Imperial Palace ở ẩn[15]. Tại đây, ông bắt đầu can thiệp ít nhiều vào triều chính và hãy viết văn. Ông có xuất bản một quyển có tên Kobun Kokyo về các bài văn ông đã viết. Ông đồng thời cũng thăm thú vườn tược để thư giãn.

Tháng 9/1617, Thượng hoàng Go-Yōzei qua đời.

Kugyō

• Quan bạch: Toyotomi Hideyoshi, 1585-1591
• Quan bạch: Toyotomi Hidetsugu, 1591-1595
• Quan bạch: Kujo Kanetaka, 1600-1604
• Quan bạch: Konoe Nobutada, 1605-1606
• Quan bạch: Takatsukasa Nobufusa, 1606-1608
• Quan bạch: Kujo Yukiie, 1608-1612
• tả đại thần
• Hữu đại thần: Konoe Nobuhiro
• Nội đại thần, Toyotomi Hideyori, 1603-16__
• Đại nạp ngôn

Niên hiệu

• Tenshō (1586–1592)
• Bunroku (1592-1596)
• Keichō (1596-1615)